1 磁路結構和設計計算
      永磁發電機與電勵磁式發電機的最大區別在于它的勵磁磁場是永磁體產生的。永磁體在電機既是磁源，又是磁路的組成部分。永磁體的磁性能不僅與生產廠的制造工藝有關，還與永磁體的形狀和尺寸，充磁機的容量和充磁方法有關，具體性能數據的離散性很大。而且永磁體在電機中所能提供的磁通量和磁動勢還隨磁路其余部分的材料性能，尺寸和電機運行狀態而變化。此外，永磁發電機的磁路結構多種多樣，漏磁路十分復雜而且漏磁通占的比例較大。鐵磁材料部分又比較容易飽和,磁導是非線性的。這些都增加了永磁發電機電磁計算的復雜性，使計算結果的準確度低于電勵磁發電機。因此，必須建立新的設計概念，重新分析和改進磁路結構和控制系統；必須應用現代設計方法，研究新的分析計算方法，提高設計計算的準確度；必須研究采用先進的測試方法和制造工藝。
      2 控制問題
       永磁發電機制成后不需外界能量即可維持其磁場，但也造成從外部調節，控制其磁場極為困難。這些使永磁發電機的應用范圍受到了限制。但是，隨著MOSFET，IGBT等電力電子器件控制技術的迅猛發展，永磁發電機在應用中可以不必進行磁場控制而只進行電機輸出控制，設計時需要將釹鐵硼材料，電力電子器件和微機控制三項新技術結合起來，使永磁發電機在嶄新的工況下運行。
      3 不可逆退磁問題
      如果設計或使用不當,永磁發電機在過高(釹鐵硼永磁)或過低(鐵氧體永磁)溫度時,在沖擊電流產生的電樞反應作用下,或在劇烈的機械振動時有可能產生不可逆退(或叫失磁),使電機性能降低,甚至無法使用.因而既要研究開發適合于電機制造廠使用的檢查永磁材料熱穩定性的方法和裝置,又要分析各種不同結構形式的抗去磁能力,以使在設計和制造時,保證永磁式發電機不失磁.
      4 成本問題
       由于稀土永磁材料目前價格還比較貴,稀土永磁發電機的成本一般比電勵磁式發電機高,這需要用它的高性能和運行費用的節省來補償.在設計時既要根據具體使用場合的要求,進行性能,價格的比較后決定取舍,又要進行結構工藝的創新和設計優化以降低成本.